Seis meses depois dos acontecimentos da torre, Charlie faz uma aliança inquietante com Monroe, Rachel, Miles e Aaron devem lidar com o caos da cidade de Willoughby, e Tom e Jason encontram um grupo misterioso e radical, chamando-se ” The Patriots ” . Quando os heróis descobrem que os Patriotas estavam por trás dos ataques nucleares e têm motivos mais escuros, decidiram derrubá-los para sempre.