Michael Scofield é um homem desesperado numa situação desesperadora. Seu irmão, Lincoln Burrows, está no corredor da morte e será executado em alguns meses, após ser condenado por um assassinato que Michael está convencido que Lincoln não cometeu. Sem outras opções e com o tempo diminuindo, Michael assalta um banco para que ele seja preso e levado para a penitenciária estadual Fox River, o mesmo local onde seu irmão está cumprindo pena. Uma vez lá dentro, Michael um engenheiro civil com as plantas da prisão começa a executar um elaborado plano para libertar Lincoln e provar a inocência dele.