Passaram-se três anos desde o dia 2 e o incidente com a bomba nuclear. Jack Bauer agora é o Diretor de Operações de Campo e está lamentavelmente viciado em heroína, enquanto Tony Almeida é o Diretor da UCT de LA. Michelle Dessler subiu de cargo, agora casada com Tony, é a segunda no comando. Kim Bauer agora trabalha na UCT, onde poderá ser vigiada de perto por Jack. Ela agora é namorada de Chase Edmunds, agente de campo e parceiro de Jack. David Palmer cumpre seu último ano de mandato, e no dia em que iria combater seu adversário nas eleições, o senador John Keeler em um debate em rede nacional, uma ameaça a segurança dos E.U.A. cresce. Um vírus modificado e letal, o vírus Cordilla, aparentemente se encontra em posse dos Irmãos Salazar, Ramón e Hector, que tem íntimas relações com atividades e grupos terroristas. O objetivo da UCT agora é impedir que este vírus permaneça no mercado ou caia em mãos erradas.
3 - 113:00 - 14:00 Oct. 28, 2003
3 - 214:00 - 15:00 Nov. 04, 2003
3 - 315:00 - 16:00 Nov. 11, 2003
3 - 416:00 - 17:00 Nov. 18, 2003
3 - 517:00 - 18:00 Nov. 25, 2003
3 - 618:00 - 19:00 Dec. 02, 2003
3 - 719:00 - 20:00 Dec. 09, 2003
3 - 820:00 - 21:00 Dec. 16, 2003
3 - 921:00 - 22:00 Jan. 06, 2004
3 - 1022:00 - 23:00 Jan. 13, 2004
3 - 1123:00 - 00:00 Jan. 27, 2004
3 - 1200:00 - 1:00 Feb. 03, 2004
3 - 131:00 - 2:00 Feb. 10, 2004
3 - 142:00 - 3:00 Feb. 17, 2004
3 - 153:00 - 4:00 Feb. 24, 2004
3 - 164:00 - 5:00 Mar. 30, 2004
3 - 175:00 - 6:00 Apr. 06, 2004
3 - 186:00 - 7:00 Apr. 18, 2004
3 - 197:00 - 8:00 Apr. 20, 2004
3 - 208:00 - 9:00 Apr. 27, 2004
3 - 219:00 - 10:00 May. 04, 2004
3 - 2210:00 - 11:00 May. 11, 2004
3 - 2311:00 - 12:00 May. 18, 2004
3 - 2412:00 - 13:00 May. 25, 2004